بهایی‌ستیزی در جمهوری اسلامی سیاستی مقطعی یا پدیده‌ای عَرَضی نیست بلکه اگر با تسامح با واژه «ذات» روبرو شویم، می‌توانیم بگوییم بهایی‌ستیزی ذاتی جمهوری اسلامی است. به بیان دیگر، جمهوری اسلامی با بهایی‌ستیزی پا به حیات سیاسی ایران گذاشت. در نگاهی ریشه‌ای‌تر می‌توان به جرات گفت اساسا یکی از عوامل انگیزشی خمینی و خمینیست‌ها برای سرنگونی حکومت شاهنشاهی، برنامه آنان برای پی‌ریزی یک بهایی‌ستیزی سیستماتیک در ایران بود.
در اینجا نگارنده بر آن نیست لیست بلندبالای قتل و کشتار و شکنجه و آزار سیستماتیک بهاییان در جمهوری اسلامی را لیست کند. این کار پیش از این به خوبی انجام شده است بلکه تلاش می‌شود به ریشه‌های گفتمانی ستیز با بهاییان در جمهوری اسلامی بازخوانی شوند.
اگر قرار باشد به این پرسش مشخص پاسخ دهیم که چه شد که جمهوری اسلامی این‌چنین بهاییان را آزار می‌دهد باید به خمینی بازگردیم؛ آخوند متعصبی که بنیانگذار جمهوری اسلامی بود و نفرت بسیار عمیقی از بهاییان داشت. به عبارت ساده، بهایی‌ستیزی در جمهوری اسلامی ریشه در نگاه خمینی به بهاییان دارد.
خمینی همچون دیگر ایدئولوگ‌های نفرت‌پراکن، تلاش می‌کرد از گروه هدف نفرت‌پراکنی خود انسانیت‌زدایی کند. بر این اساس او نزاع خود با بهاییان را صرفا در حوزه عقیده و باورمندی مذهبی تعریف نمی‌کند و تلاش می‌کند از تعبیر بسیار سنگین «نجس» درباره آنان استفاده کند. در این راه می‌توان به فتواهای او استناد کرد. به عنوان نمونه او در یکی از فتواهای خود در خرداد ۱۳۴۲ بهاییان را «کافر، ضاله و نجس» معرفی کرده بود که حتی به «حمام مسلمین» هم نباید وارد شوند.
ستیز بنیادین خمینی با بهاییان بر دیگر رفتارهای او در دیگر حوزه‌ها نیز سایه انداخته بود. او که در سال‌های آغازین دهه ۴۰ شمسی ستیز خود با حکومت شاهنشاهی را نیز آغاز کرده بود، پای بهاییان را در اینجا نیز به میان کشید و در مخالفت با تصمیم حکومت شاهنشاهی برای اعطای حقوق زنان، محمدرضاشاه را تحت‌تاثیر بهایی‌ها دانسته و صراحتا می‌گوید: «تساوی حقوق زن و مرد، رأی عبدالبهاء است؛ آقایان از او تبعیت می‌کنند. آقای شاه هم نفهمیده می‌رود بالای آنجا، می‌گوید: تساوی حقوق زن و مرد. آقا! این را به تو تزریق کردند که بگویند بهایی هستی».
به عنوان نمونه‌ای دیگر بر این ادعا که خمینی پای بهاییان را همه جا می‌دید می‌توان به اسراییل‌ستیزی خمینی اشاره کرد که آن نیز اگرچه عوامل دیگری نیز داشت ولی متاثر از بهایی‌ستیزی او نیز بود. بنیانگذار جمهوری اسلامی، بهاییان را صراحتا برآمده از اسراییل می‌دانست و در نامه‌ای در ۳۱ اردیبهشت ۴۲ بهاییان را «فرقه ضالّه دست نشانده اسرائیل» معرفی می‌کند.
همان‌گونه که آمریکاستیزی خمینی تبدیل به سیاست اصلی و بنیادین جمهوری اسلامی شده است، روایت نفرت‌پراکنانه‌ی خمینی درباره بهایی‌ها نیز تبدیل به روایت رسمی جمهوری اسلامی از بهاییان و چراغ راهنمای آن شده است. دقیقا بر اساس خط و خطوطی که خمینی کشیده بود، جمهوری اسلامی در روایت رسمی خود از چرایی بهایی‌ستیزی سیستماتیک خود، آنان را «جاسوس» معرفی می‌کند.
این روایت در بالادست‌ترین نهادهای کنونی جمهوری اسلامی نیز خریدار دارد. چنانکه در سال ۱۳۹۴ وبسایت رسمی علی خامنه‌ای – رهبر جمهوری اسلامی – گفتگویی با «علی‌اکبر ولایتی» ترتیب داد و ولایتی در آنجا بهاییان را «جاسوس» معرفی کرد.
علی‌اکبر ولایتی که سال‌ها وزیر خارجه جمهوری اسلامی بوده است و اکنون نیز مشاور ارشد خامنه‌ای در امور بین‌المللی است در آن گفتگو صراحتا گفت: «می‌گویند چرا شما به بهایی‌ها آزادی نمی‌دهید؟ آزادی به بهایی‌ها یعنی اینکه آنها را آزاد بگذاریم تا بتوانند برای رژیم صهیونیستی جاسوسی کنند. چون ارتباط بهائیت با رژیم صهیونیستی بر کسی پوشیده نیست. اصلا مرکز بهائیت در سرزمین‌های اشغالی است».
برای درک چراییِ بهایی‌ستیزی در جمهوری اسلامی باید به خمینی و نگاه عمیقا نفرت‌پراکنانه او به بهاییان بازگشت. نگاهی که با نگاه آدولف هیتلر به یهودیان پهلو می‌زند. با احتمال بسیار زیادی می‌توان گفت اگر جمهوری اسلامی بهاییان را به اردوگاه نمی‌برد و در کوره نمی‌سوزاند – چنان که آلمان نازی با یهودیان کرد – نه به علت نرمش بیشتر نسبت به آلمان نازی، بلکه به علت چشمان تیزبین جهان در دنیای امروز است.